陰莖表皮或是內部疼痛可不是什么好玩的事啊，問問那些曾經有過這種癥狀的人就知道。造成陰莖疼痛的主要原因就是各種外傷、以及性交過度而造成的。另外，像咬傷(被人或是蟲咬都有可能)、長丘疹或是任何表皮外傷都是常常引起陰莖疼痛的原因。
另一種造成陰莖疼痛的常見病因是陰莖感染了生殖器疤疹(Genital Herpes)。在病發(疹子長出來)之前，受感染的部位會有持續5—6天灼燒、發癢或疼痛的現象，隨后在表皮上就可以發現明顯的、看得見的潰傷了。一旦這些水泡樣的潰傷逐漸愈合，則疼痛的癥狀也會隨之消失。
在第一次發作過皰疹之后，有些患者會持續好幾個月、好幾年甚至終生都不再復發，但是有些病人卻經常有復發的情形。Acyclovir錠是一種抗病毒性的藥劑，口服使用效果很好，不但可以減輕病發時的劇痛，也能有效地減低復發的頻率。
在艾滋病尚未流行之前，生殖器疤疹可說是最常引起兩性之間那種歇斯底里式勃然大怒、爭執相向的病癥，直到今日和致命的艾滋傳染病相較之下，這種怒目相視的情況則顯得溫和多了。
前列腺發炎常常會引起陰莖的疼痛，這種情形可能是因為陰莖部位受到感染或是刺激所導致。若是受到感染，就必須以抗生素進行治療;假使是受到刺激，則只要有充分的休息就可以使癥狀減輕。
梅毒會造成陰莖潰傷長瘡，但是并不會引起疼痛。另外有一些通過性行為傳染且會造成疼痛癥狀的則是非典型的尿道炎(通常是由披衣菌引起的尿道感染或尿道發炎現象)和淋病，雖然有青霉素及其他種類的抗生素藥品等發明，淋病仍然對人們造成相當大的困擾。
而在未割除包皮的男性身上，容易發生包皮內的感染(即龜頭炎)，這也會使得陰莖有疼痛和腫大的癥狀，通常只要針對真正的病源作適當的治療，大多能順利地消除各種不適的疾病癥狀。
下列則是引起陰莖疼痛較不常見的原因：
1、陰莖癌—要辨認陰莖癌并不困難，從器官的表面就能看得出形成病變的組織。除非是受到感染，否則陰莖癌通常都不會引起疼痛，治療這個病的方法是實行外科手術。
2、現在已經廣泛地使用人工彌補術來治療陽痿，即以外科手術將管子植入陰莖組織中，使陰莖可以藉此裝置順利勃起。如果彌補術確能達到良好的功能，患者就能重享圓滿的性生活，但是這種人工植入的管子常常會受到感染而引起陰莖疼痛。
3、如果我說眼睛發紅及關節疼痛是與陰莖的不適有關聯的，你信不信?
這種看似不可能的并發癥狀稱為賴透性癥候群，是一種因身體免疫系統失調所導致的病癥(在前面討論關節疼痛的章節中，我曾提到過這一現象)。因此，如果陰莖會痛而且流出分泌物，又有輕微的發燒，關節也會痛，那么請到鏡子前看看自己的雙眼，如果雙眼發紅，那么就可以依此診斷出自己的毛病了。通常幾個星期之后這些癥狀就會自行消失，不需要任何治療。
4、有時很矛盾的是，陰莖的疼痛竟是源自于享樂——因為勃起所導致的疼痛。
當血凝塊在勃起陰莖的動脈里形成時，就會阻止血液從陰莖流出以通往身體其他部位去，如此一來，使得陰莖勃起維持的時間遠遠超過需要或是希望的程度，就會形成劇烈的疼痛。
這種被稱為持久勃起(異常勃起)的情形，通常需要以手術來疏解阻塞的狀況。一般以患有白血病(白血球過多癥)及鐮刀狀細胞性貧血癥(Sickle Cellanemia)之類的血液沉淀疾病患者最常發生這種狀況(但是在健康狀況良好的人身上，也可能會發生)。
5、另有一種更普遍而常見的原因會造成陰莖勃起時疼痛——北洛尼氏病(Peyronies’s Diseas)，這種毛病指的是在陰莖里有結疤組織形成(至今仍查不出原因為何)，若罹患這個病則陰莖勃起時會變彎曲，造成性交困難，或者甚至根本無法進行性交。一般以外科手術就能改善這種狀況。
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